プロジェクトに閉じたノートはすべてgithub管理でソースコードと扱ってもいいかも.
結局アイデアとコードは一つにまとまってたほうがいい.アイデアをソースコードと同じノウハウで処理したい.
プログラミングからしたら拡張子が.cか.orgの違いにすぎないでしょ. これは面白い考えで、lispでの字句解析や構文解析, もっと言えばコンパイルの勉強をしたい. コンパイルの勉強をして知識をコードで扱いたい。
開発言語はCommon Lispを採用したい. よくわからない先例のない領域を切り開くのはLispでしょ.